据报道，加入世贸组织后，在中国大陆、香港、澳门、台湾均为世贸组织成员的情况下，大陆港口与香港、澳门和台湾港口之间的海上运输问题，可能会实施特殊政策，而不在世贸组织内讨论该问题。 
　　内地与香港、澳门和台湾之间的航线为实行特殊管理的国内航线，参照外贸运输管理；内地与香港、澳门之间航线的运输，由在香港、澳门和内地登记的船舶经营，未经中央政府批准，外国籍船舶不得从事该航线的客货运输。 
　　根据国务院批准、交通部发布的《台湾海峡两岸间航运管理办法》，台湾海峡两岸间航线运输由交通部批准，台湾海峡两岸间航运业务由在中国大陆和台湾地区登记注册的，且为中国大陆、台湾地区资本的航运公司及中国大陆和台湾地区资本合资（合营）的航运公司经营；非经批准，外国航运公司不得经营台湾海峡两岸间双向直航或经第三地港口的两岸间客货运输。