根据国务院关于港口管理体制改革的精神，参照各省港口体制改革经验，结合浙江省实际，浙江省理顺港航管理体制的意见是：港口实行政企分开，政的部分纳入交通行政管理序列，港口各类企业按《公司法》要求进行改造，建立现代企业制度，成为自主经营、自负盈亏的经济实体，对港口国有资产进行科学界定，港口基础设施及港口规划区内土地由港口管理部门管理和开发，保证国有资产的保值增值；市港务管理和航运管理部门合并成市港航管理局。在这次港口管理体制改革中，水路运输面临发展机遇和挑战，浙江省提出基本实现现代化和实施海洋经济、可持续发展战略，明确未来5年发展目标，抓住机遇，迎接挑战，是浙江省水路运输实现持续、快速、健康发展的关键。 
　 
　 明确5年发展目标 
　 经过5年努力，逐步形成具有较强竞争能力，与客货源需求、港口结构、航道等级相适应的标准化、专业化、系列化、高速化船队；逐步建立合理利用水运资源、适应国民经济和我省对外贸易发展需要的航运及港口体系，把浙江省建设成为水运强省。 
　 ——港航企业规模化、集约化经营程度明显提高。实现以具有较强创新能力、竞争能力、发展能力，运力规模在50万吨左右的大型水运企业和以宁波、舟山、台州、温州、嘉兴、杭州、湖州港港口企业集团为龙头，适应市场发展需求的中型港航企业为骨干的浙江省水运市场经营主体结构。 
　 ——运力规模进一步扩大、结构更为合理。浙江省货运运力规模达到755万吨，比2001年增长54％，年均增长9％。其中，集装箱船规模达到9000标箱，比2001年增长169％，年均增长22％；沿海和内河货运船舶平均载重量分别达到2000吨和100吨。 
　 ——港口年吞吐能力达到5．6亿吨，比2001年增长40％，年均增长7％。内河主干线航道达到4级以上标准，基本实现干支配套，成网直达。 
　 ——水路运输生产持续快速增长。全省水路货运量达到2．9亿吨、货物周转量达到1600亿吨／公里，年均分别增长8％和12％；其中集装箱吞吐量达到300万标箱，年均增长17％。 
　 ——水运管理法规体系基本建立，配套的行政规章及操作规定基本完善，重点出台《浙江省水路运输管理条例》、《浙江省港口管理办法》等地方性法规，执法人员综合素质和管理水平明显提高。管理手段得以加强，管理效率明显提高，行业管理基本实现计算机化。 
　 
　 圈定战略重点 
　 沿海地区要充分利用港口资源、经济贸易优势和对台“三通”的有利条件，积极吸引有实力的大型企业集团落户浙江。充分依托我省港口、资源优势，加强合作，积极发展大型散货船队和与远洋干线大型集装箱运输相配套的中、小型集装箱船队。 
　 研究制订水运发展规划主要内容，继续完善以沿海港口和陆岛交通，内河“十线五港一连”为主要目标的水运基础设施建设规划，把杭甬运河、杭嘉湖重要支线航道和沿海深水泊位，特别是集装箱泊位建设作为重中之重；集中研究和制订全省港口和航运结构调整、水路集装箱运输发展、现代物流发展、水运信息网修建和管理队伍建设规划。重点抓好《浙江省水路运输管理条例》和《浙江省港口管理办法》两个法规的出台。 
　 加快发展水路集装箱运输，积极开拓现代物流业领域。首先把国际国内集装箱运输系统作为水路交通运输发展的战略重点，在制定港口布局规划、水路基础设施建设计划时突出体现。其次，按集装箱多式联运要求，把主要港口口岸及其后方大通道、口岸与内陆集装箱货运站建设放在优先位置上，使港口与主要公路网、铁路网相衔接，为实现门到门运输提供良好的基础条件。另外，国有港口企业应积极吸纳社会和国外资本，改造现有码头，特别是集装箱码头，更新设备，不断提高吞吐能力和规模。确立以我省主要港口为依托的多式联运枢纽和现代物流中心。 
　 加强主要港口后方港区规划用地的控制，保证仓储、货运站、停车场等配套设施用地，加大对港口集疏运公路、航道公共设施投资建设力度。再次，改善口岸通关环境，提高通关效率。